Los ecosistema acuáticos marinos y continentales son sistemas dinámicos con múltiples relaciones; donde la Universidad desde las Ciencias del Mar y las Ciencias Biológicas han promulgado por el desarrollo de estudios integrales, que se enfocan no sólo en estudios particulares sobre alguna de las ramas de la oceanografía o la Limnología, sino en el estudio integral de los ecosistemas o zonas de interés particular. Cada vez con mayor frecuencia, los grupos de investigación en Bogotá y Santa Marta realizan proyectos que comprenden diversos campos del conocimiento en las ciencias involucradas, con el objetivo de conocer el funcionamiento integral de los sistemas, reuniendo las condiciones adecuadas para incidir de forma sustancial en el desarrollo de proyectos interdisciplinarios ambiciosos, dirigidos desde el conocimiento de los procesos que ocurren en los ecosistemas acuáticos y aplicados a proyectos de relevancia nacional.

• Estudios de línea base de ecosistemas continentales y marino-costeros (composición, estructura, funcionamiento)

• Monitoreo ambiental en ecosistemas acuáticos continentales y marino-costeros

• Monitoreo ambiental en acuicultura

• Evaluación de ecotoxicidad de efluentes industriales, municipales y agrícolas (e.g. lodos de perforación, aguas residuales, escorrentía)

• Valoración pesquera (análisis de capturas, tallas, fecundad)

• Consultorías ambientales (limnológicos y marino-costeros)

• Asesoría de infraestructura acuática (puertos, canales y obras civiles)

• Identificación taxonómica (morfológica y molecular) de especies nativas y no-nativas

• Análisis y modelación hidrológica

• Evaluación de capacidad de carga de ecosistemas

• Diagnóstico de calidad de agua (mediante parámetros fisicoquímicos, bioindicadores, biomarcadores)

• Análisis de calidad de agua y suelo en ecosistemas marinos y continentales

• Análisis de procesos ecológicos (productividad primaria, secundaria, respiración y descomposición)

• Análisis a través de sistemas de información geográfica

• Análisis con imágenes satelitales (Temperatura superficial, Clorofila a, Patrones de Corrientes Superficiales, Campos de Viento, Oleaje)

• Forensica ambiental (identificación de fuentes de contaminación)

• Evaluación de impactos ambientales en ecosistemas acuáticos