Selección de marcadores microsatélites (SSR’s) para el análisis de variabilidad genética en siete cultivares de arracacha (Arracacia xanthorrhiza)

Abstract

La arracacha (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) es una Apiaceae con raíces tuberosas reservantes ricas en un fino y nutritivo almidón. Los microsatélites o SSR’s, secuencias simples de ADN con motivos de 1 a 6 nucleótidos repetidos en tándem, poseen características útiles para estudiar la diversidad genética de una población. En el municipio de Boyacá, Boyacá, los agricultores identificaron mediante diferencias fenotípicas siete cultivares de arracacha. Esta investigación busca identificar los loci polimórficos y reproducibles para siete cultivares nativos de arracacha entre un conjunto de 14 loci SSR’s diseñados a partir de un cultivar ecuatoriano. Se amplificó y evaluó el ADN de de los cultivares de arracacha con diferentes concentraciones de MgCl2 y temperaturas de anillamiento para cada locus microsatélite. Los productos amplificados se separaron en geles de poliacrilamida al 6, 10 y 12%. La estandarización para cada locus logró reducir las bandas inespecíficas en un 80% y evidenciaron una resolución óptima de las bandas en poliacrilamida al 12%. Se detectó que 5 loci no son aptos para el análisis de la variabilidad de arracacha debido a que loci son monomórficos, mientras que 1 locus polimórfico presenta exceso de bandas inespecíficas. Se identificaron fragmentos polimórficos reproducibles en 9 loci microsatélites y se confirmó su uso para el análisis de la variabilidad genética de los cultivares nativos de arracacha: paliverde, palirrusia, palinegra, yema de huevo, blanca de tarro, yucatana y amarilla de tarro.