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Complete Colombian Caribbean loggerhead turtle mitochondrial genome: tRNA structure analysis and revisited marine turtle phylogeny

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Ver artículo (994.8Kb)
Fin embargo: 
Date
2018
Author
Otálora, Katherin
Hernández-Fernández, Javier
Metadata
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Documentos PDF
Abstract
The loggerheadmarineturtle, Carettacaretta, isawidelydistributedand endangeredspeciesthatisfacingcriticalpopulationdecline,especiallyin Colombian Caribbeanrookeries.MitochondrialDNAsequencedataareof greatimportanceforthedescription,monitoring,andphylogeneticanalysesof migratoryturtlepopulations.Inthisstudy,thefirstfullmitochondrialgenomeofa loggerheadturtlenestingintheColombianCaribbeanwassequencedandanalyzed. This mitochondrialgenomeconsistsof16362bpwithanucleotidecompositionof T:25.7%,C:27%,A:35%andG:12%.Sequenceannotationoftheassembled molecule revealedanorganizationandnumberofcodingandfunctionalunits as reportedforothervertebratemitogenomes.ThisColombianloggerheadturtle (Cc-AO-C)showedanovelD-Loophaplotypeconsistingofthirteennewvariable sites,sharing99.2%sequenceidentitywiththepreviouslyreportedCaribbean loggerheadCC-A1D-Loophaplotype.All13protein-codinggenesintheCc-AO-C mitogenomewerecomparedandalignedwiththosefromfourotherloggerhead turtlesfromdifferentlocations(Florida,Greece,Peru,andHawaii).Elevenof thesegenespresentedmoderategeneticdiversitylevels,andgenesCOIIandND5 showedthehighestdiversity,withaveragenumbersofpair-wisedifferencesof16.6 and 25,respectively.Inaddition,thefirstapproachrelatedtot-RNAs2Dand3D structureanalysisinthismitogenomewasconducted,leadingtoobservedunique featuresintwotRNAs(tRNATrp and tRNALeu). Themarineturtlephylogeny wasrevisitedwiththenewlygenerateddata.Theentiremitogenomeprovided phylogeneticallyinformativedata,aswellasindividualgenesND5,ND4,and16S. In conclusion,thisstudyhighlightstheimportanceofcompletemitogenomedata in revealinggeneflowprocessesinnaturalloggerheadturtlepopulations,aswellas in understandingtheevolutionaryhistoryofmarineturtles.
URI
http://hdl.handle.net/20.500.12010/8916
Link to resource
http://dx.doi.org/10.11144/javeriana.sc23-3.cccl
Collections
  • Año 2018 [154]
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Institución de educación superior privada, de utilidad común, sin ánimo de lucro y su carácter académico es el de Universidad.

Reconocimiento personería jurídica: Resolución 2613 del 14 de agosto de 1959 Minjusticia.

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