Análisis e identificación in silico de los genes expresados diferencialmente entre juveniles y adultos de la tortuga Caguama (Caretta caretta) relacionados con hipoxia y sistema inmune: primera aproximación
Documentos PDF
Abstract
Las diferentes condiciones que experimenta Caretta caretta durante su ciclo de vida, dada su longevidad y capacidad de migrar grandes distancias, se refleja en cambios cualitativos y cuantitativos en la expresión de genes en las diferentes etapas de vida de la especie que pueden revelarse a través del análisis del transcriptoma. En este estudio se realizó un análisis de expresión diferencial de genes, comparando transcriptomas de tortugas adultas (Adul) y tortugas juveniles (Juv), y se relacionaron con hipoxia y respuesta inmune. Las secuencias usadas corresponden a tortugas en cautiverio anidantes del Caribe colombiano, disponibles en GenBank, las cuales se filtraron (Trimmomatic), alinearon, mapearon (HISAT2) y ensamblaron (StringTie) contra un transcriptoma de referencia. El nivel de expresión de las lecturas de cada transcriptoma se cuantificó (featureCounts) para el análisis de expresión diferencial (DESeq2) y los genes se anotaron funcionalmente (Blast2GO-OmicsBox). Se mapearon correctamente el 84 % de las lecturas, y de la comparación Adul versus Juv, se identificaron 1401 genes expresados diferencialmente (DEG) (p-aj < 0,05), 507 regulados al alza y 894 a la baja (log₂ fold-change). Se logró anotar funcionalmente el 40 % de los DEG, identificando 8252 términos GO y 583 rutas de referencia de la ontología KEGG, en dónde sobresale la respuesta inmunológica, la respuesta al estrés oxidativo, y el metabolismo de carbohidratos. Se proponen posibles mecanismos y rutas metabólicas implicadas con la expresión de estos genes, según su función y el nivel de expresión en cada estadío. Lo planteado en las hipótesis sugeridas debe ser sometido a investigación desde enfoques más específicos que consideren la medición de variables no evaluadas en la presente investigación.
Summary in foreign language
The different conditions experienced by Caretta caretta during their life cycle, due to its longevity and the ability to migrate long distances, are reflected in qualitative and quantitative changes in gene expression at different life stages of the species that can be revealed through transcriptome analysis. In this study, a differential gene expression analysis was performed, comparing transcriptomes of adult turtles (Adul) and juvenile turtles (Juv), and related to hypoxia and immune response. The sequences used correspond to captive nesting turtles from the Colombian Caribbean, available in GenBank, these sequences were filtered (Trimmomatic), aligned, mapped (HISAT2) and assembled (StringTie) against a reference transcriptome. The expression level of reads from each transcriptome were quantified (featureCounts) for differential expression analysis (DESeq2) and genes were functionally annotated (Blast2GO-OmicsBox). 84% of reads were correctly mapped, and from the Adul versus Juv comparison, 1401 differentially expressed genes (DEGs) were identified (p-aj < 0.05), 507 up-regulated and 894 down-regulated (log₂ fold-change). 40 % of the DEGs were functionally annotated, identifying 8252 GO terms and 583 reference pathways of the KEGG ontology, where the immune response, oxidative stress response, and carbohydrate metabolism stand out. Possible mechanisms and metabolic pathways involved with the expression of these genes are proposed, according to their function and level of expression in each stage. The suggested hypotheses should be subjected to research from more specific approaches that consider the measurement of variables not evaluated in the present investigation.
Collections
- Biología Marina [325]
Estadísticas Google Analytics
Comments