El humedal El Salitre es uno de los 15 humedales urbanos que hacen parte de la estructura ecológica principal de Bogotá D.C. Este ecosistema está relativamente aislado de la influencia de la ciudad, a diferencia de los otros humedales que se encuentran deteriorados por el acelerado crecimiento urbano, la fragmentación de los ecosistemas, el relleno de los cuerpos de agua, el vertimiento de aguas residuales y la desecación. Muchos de ellos han sido ampliamente estudiados y cuentan con un plan de manejo ambiental, aspectos que no han sido trabajados en El Salitre. En este estudio se realizó el análisis cualitativo, cuantitativo y morfofuncional del fitoplancton y de las características fisicoquímicas del agua en dos periodos climáticos contrastantes. Se identificaron 114 morfoespecies de algas en el fitoplancton, siendo las clases predominantes Conjugatophyceae y Chlorophyceae y los géneros más representativos Heimansia, Staurastrum, Monoraphidium, Staurodesmus y Cosmarium. La clase Conjugatophyceae alcanzó las mayores abundancias promedio con 2757 ind ml-1 (43%) en la época seca y 11209 ind ml-1 (78%) en la época de lluvias. De las once especies dominantes del fitoplancton, ocho se clasificaron en el grupo morfofuncional IV, dos en el V y una en el VI. A partir de la concentración de nutrientes en el agua y de la composición del fitoplancton, se determinó que el humedal El Salitre presentó una condición de oligotrofía a mesotrofia en los dos periodos climáticos estudiados. Adicionalmente se elaboró un atlas virtual del fitoplancton del humedal El Salitre, como herramienta pedagógica para la enseñanza en instituciones educativas.