La presente investigación estudió las variaciones horizontales y verticales, de la composición, diversidad y abundancia de la comunidad fitoplanctónica en el ecosistema acuático epicontinental del Embalse del Neusa entre los meses de julio y octubre de 2004. Se fundamentó especialmente en: la identificación de coenoclinas y ecoclinas, a partir de la interacción con factores abióticos, bióticos además de las incidencias del clima. Por otra parte se hizo el reconocimiento de especies bioindicadoras para determinar la condición trofica del reservorio. Dado que en trabajos anteriores había dado como resultado un estado oligo-mesotrófico, se puede demostrar que a lo largo de la investigación esta situación se ha modificado hacia condición mesotrófica e incluso se observó algunas especies de algas indicadoras de eutrofia. Un análisis de componentes principales mostró dos gradientes claros, uno temporal y otro espacial (estructura vertical). El primero partió de los meses de menor concentración de nitrito (julio y agosto) y llegó a los de mayor cantidad de este ion (septiembre y octubre). El gradiente espacial estuvo dado por el oxígeno, el cual ordenó los datos desde las estaciones más oxigenadas (capas superficiales) hasta las de menor concentración (capas profundas). Para los dos primeros muestreos (julio y agosto) se evidenció una columna de agua mezclada por las condiciones climáticas que se presentaron, las cuales fueron de lluvia. Los dos últimos muestreos (septiembre y octubre) tuvieron una columna más estratificada por la presencia de días soleados.