Con el propósito de evaluar los posibles cambios de la comunidad fitoplanctónica teniendo en cuenta aspectos de cualificación, cuantificación, biomasa y producción en el Lago Boa y sus planos de inundación ubicados en la región media del río Caquetá, el cual está regulado por el pulso de inundación, se realizaron mediciones entre mayo de 1999 y mayo de 2000. La identificación se realizó en microscopio invertido y las taxas se reunieron en nueve grupos: cyanophyceae, chrysophyceae, cryptophyceae, xanthophyceae, dinophyceae, euglenophyceae, bacillariophyceae, chlorophyceae y zygophyceae. Los resultados muestran oligotrofía en época de aguas altas y eutrófia en época de aguas bajas; se identificaron un total de 196 taxas, en su mayoría bacilariofitas, pero con una dinámica cambiante de acuerdo a la época hidroclimática.