Con el propósito de evaluar la comunidad mesozooplanctónica a un nivel taxonómico unificado e intentando valorar los posibles cambios a nivel cuantitativo y principalmente cualitativos de la comunidad, después de las fuertes alteraciones hidrológicas del sistema, se realizaron muestreos trimestrales en siete estaciones de Ciénaga Grande de, durante agosto de 2001 a mayo de 2002. Se identificaron 22 familias, con 6 nuevos registros para la Ciénaga: Acartiidae, Temoridae, Diosaccidae, Sapphirinidae, Gammaridae y Membranoporidae. En su mayoría pertenecientes al phylum Arthropoda con un 92,24% de abundancia promedio. Una familia dominante Acartiidae, se mantuvo durante todo el tiempo de estudio. El efecto de las variaciones climáticas e hidrológicas en la Ciénaga se reflejaron en la aparición de familias como Brachionidae, Cyprididae, Polyphemidae y Sididae, durante los meses de lluvias; y de familias como Sagittidae durante el período seco, confirmando esta última la entrada de aguas marinas al estuario. El análisis espacial no arrojó diferencias significativas que pudieran dividir el sistema en zonas, corroborándose la activa dinámica que ejerce la circulación del agua en el estuario. El sistema estuvo caracterizado por elevadas abundancias, altos valores de densidad y biomasas, y bajas diversidades; que sumados a reportes de incrementos en salinidad y temperatura, disminuciones de oxígeno disuelto y proliferaciones de fitoplancton, permitieron confirmar la condición eutrófica del sistema. Los atributos estructurales evaluados, como presencia y abundancia de algunas especies zooplanctónicos permitieron señalar el proceso de eutroficación del sistema, evidenciando la potencialidad de éstos grupos con fines de bioindicación.