Una de las causas principales de degradación en los arrecifes son las enfermedades coralinas. El estudio del estado de salud de los corales, incluyendo prevalencia y tasas de avance de enfermedades, es una aproximación para conocer la degradación potencial de un área arrecifal. En este estudio se quiso conocer el estado actual de salud de las formaciones arrecifales de las bahías de Chengue (Ch) y Gayraca (Gay) (PNNT). Se muestrearon cuatro estaciones: Ch-S, Ch-P, Gay-S y Gay-P (dos por bahía) a dos diferentes profundidades (S: 5 m, P: 12 m). En cada estación se colocaron tres transectos lineales de diez metros y a cada lado se colocaron cuadrantes de 1 m2 subdivididos por una grilla de 10 x 10 cm2. Se estimó cobertura coralina, presencia de enfermedades por especie y por estación para hallar la prevalencia, y a cada colonia enferma se le hizo seguimiento para determinar la tasa de avance. Ch-S presentó la mayor cobertura coralina con 26,10 % y Gay-P la menor con 7,70 %. Las especies Colpophyllia natans (9,8 %), Siderastrea siderea (7,1 %) y Diploria strigosa (6,8 %) presentaron la cobertura coralina más alta. De 1000 colonias muestreadas 12 presentaban alguna señal de enfermedad en octubre de 2011 y diez en noviembre del mismo año.