La bahía de Cartagena es considerada como un estuario por el aporte de aguas continentales provenientes principalmente del canal del Dique, así mismo está sujeta a fuertes presiones medioambientales por ser puerto comercial y objeto de múltiples actividades económicas y en general antropogénicas. Por esto es importante establecer las variaciones espacio-temporales de la comunidad fitoplanctónica en la bahía de Cartagena y relacionarlas con variables fisicoquímicas, para así mejorar la visión del estado de este ecosistema y posibles efectos ?Bottom-Up?. Se realizaron tres muestreos en 12 estaciones cada uno correspondiente a una época climática característica del Caribe colombiano. Se recolectaron muestras de agua con una botella Van Dorn en superficie (1 m) y fondo (máximo 10 m) las cuales fueron concentradas y filtradas con un filtro de ojo de malla de 25?m. También se recolectaron muestras de agua para determinar clorofila, SST, NO2, NO3, NH4, nitrógeno orgánico, NKT y ortofosfatos en laboratorio. Se midieron in situ la temperatura, salinidad, pH, conductividad, oxígeno disuelto, DBO a cada metro de profundidad y la transparencia. La clase taxonómica predominante fue Diatomophyceae y la mayor abundancia de fitoplanctéres se presentó en la época seca así como la mayor diversidad. La especie más abundante del muestreo entre 192 halladas fue la diatomea Skeletonema costatum, presente en las tres épocas y en altas concentraciones. Por otro lado se encontraron diferencias significativas en términos de composición y abundancia tanto entre épocas de muestreo como estratos de profundidad.