Se estudiaron las abundancias de nanoplacton heterótrofo (NPH) y virus en un diseño experimental en el embalse del Neusa (Cundinamarca, Colombia), con el fin de evaluar in situ su dinámica durante un período de 94 horas. Para ello se recolectó agua a una profundidad de 0,5 m en dos lugares contrastantes del embalse (desembocadura río Cubillos y La Presa), se retiraron los organismos mayores a 0,8 um (sin bacteriovoria SB) y/o a 5 um (bacteroboria aumentada BA) para quitar y aumentar la presión de los NPH sobre la comunicad bacteriana y se incubaron. Se determinaron las abundancias de virus y de NPH usando la técnica de epifluorescencia con los fluorocromos SYBR Gold y Primulina respectivamente. La eliminación del plancton superior a 5 um en el tratamiento BA, afectó negativamente la abundancia de NPH de Cubillos (78%), y en La Presa (95%) con respecto al control. Por otro lado, la abundancia viral en el diseño experimental no varió significativamente entre el control y los demás tratamientos, lo que indica que la reducción y eliminación del NPH no estimuló ni reprimió su actividad, entendida en términos de aumento o disminución de abundancia, en el experimento. Las correlaciones entre la abundancia de NPH y de virus no fueron significativas, sin embargo en las muestras sin tratamiento (control) se halló una correlación negativa (r=-0,441, p=0,031). Hay que destacar que el presente trabajo es el primero en Colombia en utilizar microscopía de epifluorescencia y primulina como fluorocromo para realizar recuento de NPH.