Esta investigación propone el diseño de un área Marina Protegida (AMP) para bahía Portete, la cual fue identificada dentro de los resultados del proyecto ?Diseño de una red de áreas marinas protegidas para el Norte del Caribe continental colombiano?, como un área de excelente heterogeneidad y representatividad de hábitats. Se calificaron una serie de criterios ecológicos, sociales, políticos y económicos; frente una lista de objetivos de manejo para el área, de donde se determinó el enfoque primordial del AMP: la protección ecosistémica. De tal manera y a partir de la revisión bibliográfica existente, se estableció un listado de ocho objetos de conservación (OdC): formaciones coralinas, praderas de fanerógamas, bosques de manglar, playas arenosas, litoral rocoso, áreas de alimentación de tortugas marinas, áreas de congregación de aves y áreas con presencia de Crocodylus acutus (caimán aguja). A partir de la evaluación entre los objetivos de manejo propuestos y los criterios seleccionados, se propuso la categoría de manejo de Parque Nacional Natural para bahía Portete, según los lineamientos nacionales. Se realizó el proceso de zonificación con ayuda de la herramienta tipo Sistema Soporte de Decisiones llamado MARXAN, proceso que permitió la identificación de tres zonas de alta protección: al noreste, sur y este de la Bahía, teniendo en cuenta las normativas actuales del Sistema de Parques Nacionales Naturales (SPNN) para la propuesta de áreas protegidas y la zonificación interna.