La valoración de la dinámica estructural del fitoplancton en la bahía de Cispatá (Caribe colombiano) en relación a la actividad camaronera, se llevó acabo en cinco salidas de campo, entre diciembre 2004 y junio 2005. Se evaluaron ocho ciénagas mediante 15 puntos de muestreo diferenciadas en cuatro ambientes estuarinos: zona A) con influencia marina e industrial; zona B) con influencia de agua dulce e industrial; zona C1) con influencia marina sin industria y zona C2) con influencia de agua dulce sin industria. Se evidenció una gran riqueza en la bahía con un total de 620 especies, de las cuales 561 fueron consideradas como especies poco frecuentes. Los organismos fueron de origen marino, estuarino y dulceacuícola, pertenecientes a las divisiones Bacillariophyta (353 especies), Clorophyta (105 especies), Pyrrophyta (49 especies), Euglenophyta (47 especies), Cyanophyta (41 especies) y otras (25 especies)., Se evidenció una diferenciación estadística espacial y temporal de la comunidad fitoplanctónica asociada al gradiente de salinidad, la transparencia del agua y las variaciones en la concentración de nutrientes. Se encontró que la zona A presentó alta diversidad y mayor porcentaje de diatomeas marinas, en especial del género Chaetoceros. La zona B recibe agua dulce del Caño Palermo y Cantarillo, por lo cual exhibió una dominancia de formas dulceacuícolas, como las cianófitas Anabaena y Chroococcus. En esta área (Ciénaga Soledad) se encontró una distinción temporal de la composición microalgal entre la época seca (diciembre, febrero y marzo) y los meses húmedos (abril y junio) como respuesta al aporte de materia orgánica.