De novo assembly and functional annotation of blood transcriptome of loggerhead turtle, and in silico characterization of peroxiredoxins and thioredoxins

Abstract

El objetivo de este estudio fue generar y analizar el atlas del transcriptoma de la sangre de la tortuga boba sangre de tortuga boba mediante RNA-seq, así como identificar y caracterizar las enzimas antioxidantes tiorredoxina (Tnxs) y peroxiredoxina (Prdxs), las enzimas antioxidantes de mayor interés en el control de los niveles de peróxido y otras funciones biológicas. niveles de peróxido y otras funciones biológicas. El transcriptoma de la tortuga boba tortuga boba se secuenció con la plataforma Illumina Hiseq 2000 y el ensamblaje de novo se de novo con el método Trinity. El ensamblaje comprendía 515.597 contigs con un N50 de 2.631 pb. Los contigs se analizaron con CD-Hit obteniéndose 374.545 unigenes de los cuales 165.676 tenían ORFs que codificaban proteínas putativas de más de 100 aminoácidos. Un total de 52.147 (31,5%) de estos transcritos tenían coincidencias homológicas significativas en al menos una de las cinco bases de datos utilizadas. en al menos una de las cinco bases de datos utilizadas. A partir del enriquecimiento de términos GO, se identificaron 180 proteínas con actividad antioxidante, entre ellas 28 Prdxs y 50 Tnxs putativas. Las proteínas putativas de las tortugas bobas codificadas por los genes Prdx1, Prdx3, Prdx5, Prdx6, Txn y Txnip fueron predichas y caracterizadas in silico. Al comparar Prdxs y Txns de la tortuga boba con proteínas humanas homólogas, mostraron 18 (9%), 52 (18%) 94 (43%), 36 (16%), 35 (33%) y 74 (19%) mutaciones de aminoácidos respectivamente. Sin embargo, mostraron una alta conservación en los sitios activos y los motivos estructurales (98%), con pocas modificaciones específicas. De ellas, Prdx1, Prdx3, Prdx5, Prdx6, Txn y Txnip presentaron 0, 25, 18, tres, seis y dos cambios deletéreos. Este estudio proporciona un transcriptoma sanguíneo de alta calidad y una anotación funcional de las caguama.