Stabilization and interaction energies of non-planar DNA base pairs Guanine-Cytosine and Adenine-Thymine. A study based on the SIESTA method

Abstract

En este trabajo calculamos las energ´ıas de interaccion y estabilizaci ´ on de los pares de bases nitrogenadas Guanina-Citosina y Adenina-Timina ´ en la configuracion Watson-Crick, dentro del marco de la aproximaci ´ on GGA de la teor ´ ´ıa DFT, usando el metodo SIESTA. Las optimizaciones ´ estructurales son realizadas con el metodo de los gradientes conjugados sin ligaduras geom ´ etricas, permitiendo estructuras no planas para ´ las bases y piramidalizacion de los grupos amino. La comparaci ´ on entre las geometr ´ ´ıas obtenidas con los resultados provenientes de los mejores calculos encontrados en la literatura (MP2 con correlaci ´ on) indican diferecias del orden del 1% en las distancias intramoleculares ´ de las bases. De otro lado, se encontro que la proporci ´ on entre las energ ´ ´ıas de estabilizacion de los pares de bases tiene aproximadamente el ´ mismo valor que el reportado, mientras sus valores absolutos presentan diferencias.