Análisis e identificación in silico de los genes expresados diferencialmente entre juveniles y adultos de la tortuga Caguama (Caretta caretta) relacionados con hipoxia y sistema inmune: primera aproximación

Abstract

Las diferentes condiciones que experimenta Caretta caretta durante su ciclo de vida, dada su longevidad y capacidad de migrar grandes distancias, se refleja en cambios cualitativos y cuantitativos en la expresión de genes en las diferentes etapas de vida de la especie que pueden revelarse a través del análisis del transcriptoma. En este estudio se realizó un análisis de expresión diferencial de genes, comparando transcriptomas de tortugas adultas (Adul) y tortugas juveniles (Juv), y se relacionaron con hipoxia y respuesta inmune. Las secuencias usadas corresponden a tortugas en cautiverio anidantes del Caribe colombiano, disponibles en GenBank, las cuales se filtraron (Trimmomatic), alinearon, mapearon (HISAT2) y ensamblaron (StringTie) contra un transcriptoma de referencia. El nivel de expresión de las lecturas de cada transcriptoma se cuantificó (featureCounts) para el análisis de expresión diferencial (DESeq2) y los genes se anotaron funcionalmente (Blast2GO-OmicsBox). Se mapearon correctamente el 84 % de las lecturas, y de la comparación Adul versus Juv, se identificaron 1401 genes expresados diferencialmente (DEG) (p-aj < 0,05), 507 regulados al alza y 894 a la baja (log₂ fold-change). Se logró anotar funcionalmente el 40 % de los DEG, identificando 8252 términos GO y 583 rutas de referencia de la ontología KEGG, en dónde sobresale la respuesta inmunológica, la respuesta al estrés oxidativo, y el metabolismo de carbohidratos. Se proponen posibles mecanismos y rutas metabólicas implicadas con la expresión de estos genes, según su función y el nivel de expresión en cada estadío. Lo planteado en las hipótesis sugeridas debe ser sometido a investigación desde enfoques más específicos que consideren la medición de variables no evaluadas en la presente investigación.